运行机制
中心根据学校制定的《华南农业大学实验室开放管理办法》、《华南农业大学贵重仪器设备开放使用管理办法》、《华南农业大学实验室安全制度》、《实验人员工作守则》、《学生实验守则》等制度对开放实验室进行管理。
一、开放运行情况
中心实行全方位的开放教学，依照制定的《实验室开放管理办法》，除负责本院专业实验课程教学外，对本院和校内外本专业及其它相关专业人员开放。学生向中心提出实验申请（包括名称、内容、所需的仪器设备和实验时间），提交实验预习报告，经中心检查同意后，可安排进行实验。对大学生创新实验和毕业设计项目，实验室提供条件满足学生独立实验的要求。
二、管理制度
中心实行主任负责制，设主任1 名，副主任1 名。主任全面负责实验教学、中心建设和规划等工作。副主任负责日常事务。中心人员实行周期聘用、竞争上岗、定期考核的管理机制。中心主任统筹安排、调配、使用实验教学资源和相关教育资源，实现优质资源共享，建立网络化的实验教学和实验室管理信息平台，实现网上辅助教学和网络化、智能化管理。实验技术人员负责实验准备，负责实验仪器、设备、材料的管理和维护维修，保障实验室清洁卫生、防火、防盗安全。
实验教学中心制定严格的管理制度，先后制定出《海洋学院实验室安全管理规定》、《实验室化学试剂使用管理规定》、《生物实验室的常用有毒药品》、《实验室常见突发事故应急处置预案》、《实验室安全保卫制度》、《显微镜室管理制度》、《电泳室管理制度》、《水产养殖学基础实验室守则》、《水产养殖学专业实验室守则》等9项院级实验室规章制度；《PCR 仪（基因扩增仪）操作规程》、《超低温冰箱操作规程》、《离心机操作规程》、《高压灭菌锅操作规程》、《气瓶安全操作规程》等14种仪器的操作规程；甲醇、氢氧化钠、氨水.、氯仿、盐酸、硫酸、二甲苯、磷酸、高锰酸钾、三氯乙酸、丙烯酰胺等29种实验室常用危险化学品的安全信息卡，并将上述文件整理汇编成《华南农业大学海洋学院实验室安全管理规范汇编》。以制度为保障，全面保证实验室正常运行及有效管理。
三、考评办法
中心根据学校下发的《各学院（部）本科教学工作状态评估指标体系》（华南农教[2009]68 号），加强实践教学过程管理，制定实践教学各环节质量标准，每年组织学生对教师的实验教学质量进行评估，同时对实验课和实验报告分别进行听课和抽查；严格保证实验课开出率100%；健全实验室管理制度，规范运行，100%向本科生开放。
中心建立健全实验人员考核制度，制定考核等级，实验室工作的考核办法主要包括：设备维护能力和水平、设备可使用率、实验教学秩序、指导学生学习情况、出勤率等，考核结果与奖金挂钩。通过制定一系列管理制度和考核制度，严格按制度执行，确保实验教学工作有序进行，严控实验教学的质量。
四、质量保证体系
为了保证实验课的教学质量，课前要求教师认真备课、实验员作好实验前的准备工作，调试好实验设备。实验中要求学生正确使用仪器设备，养成良好的科学实验习惯。平时要定期检查、维护好实验室仪器设备，作好实验室安全及防火、防盗工作。学院教学督导组、学院实验教学指导委员会、实验教学中心主任随时对实验课进行听课，定期和不定期对实验教学进行监督和检查，提出意见。
学校负责中心的初期建设及更新，并每年提供专项经费维持其正常运转。另外，通过组织申报国家、省、市及行业专项教育资金项目，用于实验室基础设施建设及升级改造、实验教学管理信息系统建设等，改善中心的实验实践教学条件。
